মঙ্গলবার (২৮ শে এপ্রিল) ভোররাতে চট্টগ্রাম মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে মারা যান তিনি। মৃত্যকালে তার বয়স হয়েছিলো ২৪ বছর।

পাঁচদিন কক্সবাজার মেডিকেল হাসপাতালে চিকিৎসাধীন থাকার পর অবস্থার অবনতি হওয়ায় ২৬ এপ্রিল তাকে চট্টগ্রাম মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে ভর্তি রেফার করা হয়।

ব্রেইন টিউমার নিয়ে চমেক হাসপাতালে নিউরো সার্জারি বিভাগের বিভাগীয় প্রধান অধ্যাপক ডাক্তার এস এম নোমান খালেদ চৌধুরী তত্ত্বাবধানে চিকিৎসাধীন ছিলেন। এছাড়াও তার ডায়াবেটিস ছিল বলে জানা গেছে। অবস্থার অবনতি হলে তাকে আইসিইউতে স্থানান্তর করা হয়,সেখানেই চিকিৎসাধীন অবস্থায় তিনি মারা যায়,
মঙ্গলবার সকালে তার মৃত্যুর বিষয়টি নিশ্চিত করেছেন বড় ভাই ইলিয়াছ আলী।

জিন্নাত আলী,কক্সবাজারের রামু উপজেলার গর্জনিয়া ইউনিয়নের বড়বিল গ্রামের আমির হামজার ছেলে, তিন ভাই বোনের মধ্যে জিন্নাত আলী ছিলেন পরিবারের দ্বিতীয় সন্তান। ১১ বছর বয়স থেকে জিন্নাত আলীর শরীরের উচ্চতা অস্বাভাবিকভাবে বাড়তে থাকে, ৮ ফুট ৬ ইঞ্চি উচ্চতা নিয়ে মৃত্যুর আগ পর্যন্ত তিনি ছিলেন বাংলাদেশের দীর্ঘ মানব।

২০১৮ সালে জিন্নাতকে সংসদ ভবনে নিয়ে যান কক্সবাজার-৩ (রামু-সদর) আসনের সাংসদ সাইমুম সরওয়ার কমল। সংসদ ভবনে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার সঙ্গে সাক্ষাৎ করেন,এ সময় অসুস্থ জিন্নাত আলীর চিকিৎসার দায়িত্ব নেন এবং চিকিৎসার জন্য পাঁচ লাখ টাকার অনুদান দিয়েছিলেন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা।

প্রধানমন্ত্রীর অনুদানের টাকায় জিন্নাত আলীকে সেসময় বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয়ে (বিএসএমএমইউ) ভর্তি করা হয়। হাসপাতালের মেডিসিন বিভাগের প্রধান অধ্যাপক মো. আবদুল্লাহ জিন্নাত আলীর চিকিৎসা করেন,সে সময় তিনি জানিয়েছিলেন, জিন্নাতের মস্তিষ্কে টিউমার হয়েছে।